Artículo 3º—De la organización interna de la Comisión: La presidencia de la Comisión corresponderá al Ministro del Ambiente y Energía o su representante según lo determina el artículo 15 de la Ley de Biodiversidad N° 7788. El Presidente preparará, para su aprobación, el orden del día, presidirá, abrirá y cerrará las sesiones.

El Director Ejecutivo de la Oficina Técnica tiene entre sus funciones, el llevar actualizadas las actas de la Comisión, según lo establece el artículo 18 inciso 3 de la Ley de Biodiversidad. Cuando por diversas razones, la Oficina Técnica no cuente con un Director Ejecutivo, la Comisión designará de su seno a un Secretario de Actas, quién contará con apoyo secretarial y los recursos necesarios por parte del Ministerio del Ambiente y Energía (MINAE), y tendrá la responsabilidad de mantener las actas al día, de distribuirlas entre los miembros y de dar seguimiento a los acuerdos.

En el caso en que exista quórum para sesionar y se encuentre ausente el Presidente y su suplente, la Comisión nombrará un presidente ad hoc quién únicamente presidirá esa sesión y firmará el acta correspondiente.