Artículo 3º—De la organización interna de la Comisión: La presidencia de la Comisión corresponderá al Ministro del Ambiente y Energía o su representante según lo determina el artículo 15 de la Ley de Biodiversidad Nº 7788. El Presidente preparará, para su aprobación, el orden del día, presidirá, abrirá y cerrará las sesiones.

El Director Ejecutivo de la Oficina Técnica tiene entre sus funciones: fungir como el Secretario de la Comisión, ejecutar y dar seguimiento a sus acuerdos y resoluciones, llevar actualizadas las actas, rendir informes trimestrales sobre el funcionamiento de la Oficina Técnica y participar en todas las sesiones de la Comisión, con voz pero sin voto, según lo establece el artículo 18 incisos 1, 3, 5 y 7 de la Ley de Biodiversidad ..

Cuando por diversas razones, la Oficina Técnica no cuente con un Director Ejecutivo, la Comisión designará de su seno a un Secretario de Actas, quién contará con apoyo secretarial y los recursos necesarios por parte del Ministerio del Ambiente y Energía (MINAE), y tendrá la responsabilidad de mantener las actas al día, de distribuirlas entre los miembros y de dar seguimiento a los acuerdos.

En el caso en que exista quórum para sesionar y no se encuentre presente el Presidente y su suplente, por causa de ausencia o de enfermedad, y en general, cuando concurra alguna causa justa, la Comisión nombrará un presidente ad hoc quién únicamente presidirá esa sesión y firmará el acta correspondiente.

(Así reformado por el artículo 1° del decreto ejecutivo N° 40885 del 8 de enero del 2018)